미국 워싱턴주의 작은 마을에 위치한 아쿠아리움. 거대태평양문어 마셀러스는 이곳의 유명 인사다. 상처 입은 채 바다를 떠다니던 마셀러스는 극적으로 구조되어 회복된 후 수족관에 살게 되었지만 언제나 다시 드넓은 고향으로 돌아가 자유를 되찾는 꿈을 꾼다. 모두 잠든 밤이면 마셀러스는 굳게 잠긴 아쿠아리움 안에서 자신만의 비밀스러운 모험을 감행한다. 마셀러스가 바라본 인간의 모습은 다음과 같다. 대체로 어리석고, 수백만 개의 단어를 갖고 있으면서도 서로 진정으로 소통할 수 없는 "최악의 의사소통 능력"을 가졌으며, 진실을 거짓으로 말하기도 하는, 한마디로 "한 치도 예상을 벗어나지 않는" 종이다. 그런 생각에 예외가 생긴 것은 노년의 야간 청소부 토바를 만나고부터다. 토바가 마셀러스의 야간 비밀 모험을 목격하고 도움을 준 이후, 그 은밀한 공모와 함께 서로를 특별한 존재로 인식한 둘은 '우정'과 비슷한 각별한 무언가를 키워나가기 시작한다.